作為北京大學(xué)新歷史階段的改革者和創(chuàng)造者，蔡元培心目中的北京大學(xué)就應(yīng)該是純粹研究學(xué)問的機(jī)構(gòu)。“學(xué)術(shù)至上、學(xué)術(shù)自由”的觀點也明確規(guī)定出了北京大學(xué)的宗旨。但就在蔡元培出任北京大學(xué)期間，爆發(fā)了舉世震驚的五四運動，北京大學(xué)的學(xué)生也成為了這場運動中的重要力量。
1919年，第一次世界大戰(zhàn)的戰(zhàn)勝國在巴黎近郊的凡爾賽宮召開了戰(zhàn)后和平會議。會上，中國代表最初提出的取消列強(qiáng)某些特權(quán)的七項希望條件及廢除二十一條不平等條約的要求均被無理否決，最后和會竟將原德國在山東攫取的一切權(quán)益轉(zhuǎn)由日本接管。在這危急的時刻，蔡元培迅即召集北京大學(xué)學(xué)生代表，告知這一消息，同時以北京歐美同學(xué)會名義急電中國首席代表章宗祥，勸誡其切勿在合約上簽字。而北大學(xué)生聞風(fēng)而動，當(dāng)晚就在北河沿第三禮堂召開大會，把原來訂在5月7日的“國恥日”舉行的活動提前到5月4日。當(dāng)天下午，北大等校的3000多名學(xué)生走上街頭游行示威，要求“外爭主權(quán)，內(nèi)懲國賊”，隨即火燒曹汝霖的住宅，痛毆章宗祥，而32名學(xué)生已遭警方拘捕。5月5日，蔡元培率領(lǐng)校長代表團(tuán)和北洋政府進(jìn)行了交涉，以人格做擔(dān)保，要求釋放被捕學(xué)生。
在蔡元培和各大學(xué)校長的努力下，被捕學(xué)生最終獲得了釋放，而五四運動也取得了成功。
對于這一事件，蔡元培的心情頗為復(fù)雜，他個人認(rèn)為全國學(xué)風(fēng)應(yīng)該從熱衷政治轉(zhuǎn)為潛心學(xué)業(yè)，不鼓勵學(xué)生，涉及政事。但此次中國外交失敗，令他痛心疾首，環(huán)顧國人，只有青年學(xué)生敢于表達(dá)民意，在這冷漠麻木的社會里顯得難能可貴。因此得知學(xué)生將采取行動，他沒有全力阻止，而是保持某種放任的姿態(tài)。
“五四”之后的北京大學(xué)呈現(xiàn)出自由活躍的局面，構(gòu)成一派自由、開放辦學(xué)的宏大氣象。應(yīng)當(dāng)說，這氣象來自蔡元培的教育理念，也是來自“五四”之后那活躍舒展的社會文化氛圍，對現(xiàn)代的大學(xué)也有著深遠(yuǎn)的影響。
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